Le masse brune dovrebbero essere, con beneficio di inventario, Exidia sp.. E' un fungo di aspetto viscido-gelatinoso da fresco, poi seccando forma incrostazioni nerastre. Però non è lui il responsabile del declino della tua pianta: infatti di regola attacca legno appena morto in consociazione con altre specie fungine. La parte sotto è quella, secondo me, la meno interessante sotto il profilo fitopatologico, in quanto vedo, oltre le masse insediatesi su porzioni di legno che ritengo ormai morto, il cilindro rimasto praticamente a nudo e lembi cicatrizziali che hanno tentato di chiudere l'ampia e lunga finestra. Nella prima foto vedo invece, nella parte più alta, la corteccia in disfacimento, dunque suppongo che la parte, diciamo così, attiva della malattia stia come salendo. L'aspetto sintomatico, tenendo conto che si tratta verosimilmente di una pianta giovane e quindi non particolarmente soggetta a decadimento del legno, non è della carie, piuttosto quello di un cancro (eiste peraltro un cancro tipico del faggio causato da Nectria ditissima, però non ho elementi per pronunciarmi). In ogni caso va bene quello che hai fatto.