La prima cosa da fare è evitare che si propaghi anche ad altre patate ed ai pomodori, quindi io su quello che hai di sano partirei subito coi trattamenti.
In linea di massima se le foglie infette sono meno del 25% (un quarto) del totale, si può cercare di controllare l'infezione tagliando le foglie affette a terra prima del trattamento. Tutto quello che raccoglierai non va compostato ma gettato nella spazzatura o, meglio ancora, bruciato. Se estirpi la pianta intera ricordati di rivoltare bene la terra per non lasciare alcun residuo.
Ora la cattiva notizia: dove si è presentata l'alternariosi sarebbe meglio non piantare papate e pomodori per tre anni. Se questo non è possibile, bisogna attenersi col massimo scrupolo ai trattamenti periodici sopra indicati... e pregare non piova troppo!
Ci sono alcuni cultivar di patata che hanno una discreta resistenza all'alternariosi (anche nelle forme più virulente) e amplificano non poco l'efficacia dei fungicidi, quali ad esempio la Sarpo Mira. Tienine da conto per la prossima semina.