Quei funghi in sè alla pianta non fanno nulla... piuttosto la loro presenza indica che c'è qualcosa che non va a livello di terriccio.
Se hai messo terriccio nuovo, molto probabilmente, si trattava di un prodotto sanitizzato in modo non adeguato. Poco da fare se non togliere i funghi e non comprare più quella particolare marca.
C'è anche la possibilità che tu sia solo stato "sfortunato" ed, in qualche modo, le spore siano state trasportate lì dal vento ed abbiano trovato un ambiente adatto. Succede: è capitato anche a me qualche mese fa con le vaschette che uso come semenzai per le zucchine.
Personalmente io farei pulizia in quel vaso (sarebbero da togliere anche le erbe infestanti :ciglione: ) e se le piante crescono sane non mi preoccuperei più di tanto.