Bello questo esperimento, mi ricorda le mie scuole elementari!
Il cotone non credo possa andare bene a lungo e credo che dovrai ben presto cambiare l'habitat di quelle piantine, facendo attraversare ad esse un periodo difficile, ma necessario.
Forse potrebbe bastare alloggiare i batuffoli nella terra e ricoprire con uno strato leggero che pian piano cederà e che tu dovrai riempire non subito, ma solo quando le radici saranno più solide.
Nel frattempo esse cercheranno di propagarsi verso il basso e questo è quello che conta, ma se tu le gravassi ora del peso della terra le danneggeresti, quindi deposita i "malloppini" senza però il bicchierino (a meno che sia decomponibile) in una buchetta e, ripeto, copri leggerissimamente con foglie secche e poi poca terra.
La terra l'aggiungerai gradualmente dopo la metà dell'estate.
Non estrarre le piantine dal cotone perché le radici si strapperebbero.
Attendi pazientemente che il cotone marcisca e si decomponga, ma non eccedere nell'innaffiamento perché il primo obbiettivo è di far crescere sane le piantine, non è di provocare marciume per disfarsi del cotone.
Se rimarranno dei residui li leverai al primo trapianto (penso che aspetterai almeno un paio d'anni).
Per le tue domande non ho risposte.
Ciao