Io concordo con l'ipotesi Brandegeei, poiché da quel che si vede e da quanto tu riferisci sembra la più rispondente.
Se vuoi avere una controprova, metti un limone colpito dentro un barattolo di vetro sufficientemente capiente, dopo aver posto sul fondo un disco di carta assorbente da tener umido. Chiudi o copri il vaso in modo che si mantenga all'umidità e tienilo in casa o comunque a una temperatura di una ventina di °C: in capo a 2-3 giorni dovrebbero comparire delle efflorescenze, e se sono biancastre avremo una ragionevole conferma che si tratta di allupatura (Phytophthora citrophthora).
Sui disseccamenti rameali ci sono troppo pochi elementi per poter dire.
Bene hai fatto ad aprire il sacco in quanto l'elevata umidità favorisce le infezioni fungine e batteriche.
Ciao