ok è un po' in ritardo la mia risposta... ma sinceramente non ho capito il tuo dubbio sull'inesto...
l'unico problema che potrebbe verificarsi sarebbe la troppa vicinanza delle due piante (se sono davvero troppo vicine) perchè gli alberi hanno bisogno di spazio e i limoni di tanto sole (sotto un'altro albero di sole non ce n'è), altrimenti no problem... altro piccolo eventuale problema, gli alberi da piccoli sono abbastanza vulnerabili in piena terra, potreste farlo crescere in vaso per qualche anno poi piantarlo nel luogo del giardino che preferite (sarebbe una soluzione ideale nel caso sia troppo vicino all'albero grande)
detto questo... credo che tu non abbia capito a cosa serve esattamente l'innesto e come funziona... un innesto è un metodo di riproduzione delle piante che consiste nel far crescere una pianta sul fusto di un'altra (ad esempio posso innestare una varietà particolare di limone su un'altra varietà), questo metodo viene utilizzato per ottenere tante piante della stessa varietà (e geneticamente identiche) al posto della riproduzione per seme perchè con quest'ultima alcune caratteristiche particolari della varietà potrebbero perdersi (ad esempio un gusto del frutto più particolare)
da questo è nata la ormai diffusa "credenza" che dai semi delle piante da frutto possano nascere solo piante "selvatiche" con frutti piccoli o immangiabili
in realtà non è vero: dai semi di un limone potrebbero nascere piante simili alla madre, oppure alberi "selvatici" con frutti piccoli, così come potrebbero anche nascere alberi con frutti di qualità addirittura superiore, dipende tutto da come si rimescolano i geni durante la fecondazione
quindi il tuo albero andrà innestato solo se dovesse produrre frutti di scarsa qualità, ma è un'eventualità, i frutti potrebbero benissimo essere di ottima qualità!
riguardo alla domanda "o essendo vicini fanno tutto da soli?", non ha molto senso, cosa dovrebbero fare gli alberi da soli?
ovviamente no, e lo stesso vale per le piante 
