Le ruggini sono organismi assai interessanti dal punto di vista biologico. Qui non è sede per trattarle, per cui mi limito a dire che quello che è comparso sul ginepro potrebbe essere lo stesso fungo che provoca la ruggine del pero (Gymnosporangium sabinae), che si alterna appunto tra pero, dove si presenta nella fase aploide, e il ginepro dove compie la fase diploide e la sessualità.
Come ti ha detto Datura ci sono altre specie di Gymnosporangium che si possono trovare sul ginepro; è interessante notare come esista una sorta di specie-specificità: ad es. ho letto che G. clavariiforme si alterna con il biancospino.
Dal punto di vista della patologia vegetale questo genere di funghi non causano danni significativi sul ginepro.