Premetto che non so nulla della coltivazione dei limoni, ma leggendo ciò che scrivi, a me è venuto il dubbio che la tua pianta abbia i problemi che si riscontrano dopo un impianto mal riuscito. Mi spiego: di solito dopo un paio di anni la pianta comincia a deperire, secca alcune parti, non fiorisce, assume un aspetto depresso. Non potrebbe essere che le radici non riescano a "prendere possesso" del nuovo terreno? Era una pianta da vivaio? Hai mosso leggermente il pane radicale per stimolare le radici a svilupparsi oltre? Hai curato il substrato d'impianto?