A una prima occhiata sembrerebbe che l'organo colpito sia l'apparato radicale: se de visu osservi effettivamente un marciume o cmq una degenerazione delle radici la causa è da ricercare in un patogeno tellurico (vengono chiamati tellurici quei funghi che stanno nel terreno e penetrano nelle radici/colletto); non mi pare invece un danno da insetti terricoli che mangiano le radici, ma questa situazione la puoi accertare solo tu che hai sotto mano le piante e puoi ispezionare il terreno.
Ammessa l'ipotesi dei patogeni tellurici, dalla foto non è possibile stabilire se si tratti di una Phytophthora o un Verticillium o un Fusarium, ma in linea generale questo tipo di malattie si prevengono utilizzano compost repressivi con i quali ammendare il terreno (sono la soluzione più semplice ed economica anche se con efficacia contenitiva) oppure trattando con induttori di resistenza (si impiegano concimi a base di fosfiti).