Relativamente ai frutteti non sono per nulla esperto tuttavia volevo complimentarmi per essere riusciti nell'impresa
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Con paragone degli ortaggi e fiori le cause potrebbero essere innumerevoli: eccessiva esposizione solare; eccesso d'acqua; terreno sbagliato ecc.
Tieni conto che tutti i frutti/semi hanno come costituzione una riserva intrinseca di nutrimento per dare lo start up alla nuova pianta (quindi generazione protronco, prime foglie, prime radici) che poi da subito dovrà provvedere da se.
La germinazione è relativamente semplice (passami la frase intendendo che non è del tutto influenzata dall'esterno avendo il seme riserve proprie), le complicazioni sorgono quando il vegetale deve cominciare a provvedere da se. Qui quindi entrano del tutto in gioco terreno in primis assieme al clima e poi tutto il resto.
Un errore tipico è dare troppa acqua alle nuove piante che non solo non ne hanno bisogno essendo appunto piccole ma diventano più vulnerabili sia alle malattie che ad eventuale esposizione (anche per solo un'ora) ad un forte sole autunnale.
Quel poco di consiglio che ti posso dare è: ricercare il terreno adatto per questo tipo di pianta; seminare nei tempi e temperature adatte (alcuni semi necessitano di freddo per "innescarsi"); mantenere solo legermente umido il terreno (quando la pianta sarà grandicella aumenterai); tenere in luogo ben luminoso ma non a sole diretto (o per lo meno per poche ore al giorno ma filtrato magari da una tenda), insomma gestione similare alle piante da fiore; no vento, no fonti di calore vicine, qualche vaporizzazione nelle foglie se hai ambiente secco. Eviterei concimi ai primordi essendo controproducenti.
Sicuramente altri più esperti a breve ti daranno ulteriori consigli.