Secondo me, sono errori che si sommano. Lo hai tenuto in acqua con una temperatura che ne ha favorito la crescita in una situazione di grave mancanza di luce e di nutrimenti aggiuntivi a quelli contenuti nel seme. Certo, a livello teorico, anche lo stesso seme potrebbe essere "difettoso", magari proveniente da un frutto raccolto troppo immaturo o per altri motivi che non potremo mai sapere, inadatto a produrre germogli vigorosi, ma francamente io propenderei per una serie di errori di coltivazione.
Un seme fatto germogliare in condizioni normali non dovrebbe presentare quegli inconvenienti, questo nella foto e' cresciuto in una condizione corretta, come vedi il rapporto fra il diametro del tronco e la sua altezza e' completamente diverso da quello che mostri nella tua foto.
ma anche questi, che per il puro gusto di sperimentare, ho pensato di fare crescere in un contenitore estremamente basso
riesci magari a postare una foto col seme in primo piano per vedere la dimensione dei gambi nei primi centimetri della crescita ?