Ciao, per la mia esperienza (ho un limone e un arancio in vaso perchè da me fa troppo freddo in inverno per metterli in piena terra) quella che vuoi fare tu non è una vera potatura, ma piuttosto una regolazione della crescita. Il tuo scopo immagino sia mantenere la chioma ariosa, non soffocata, e darle la forma giusta. Come dicevi tu vuoi tagliare rami sottili e giovani. In questo caso, penso tu possa procedere quando vuoi. Anche adesso. Attenzione che il limone fa i frutti sui rami dell'anno precendente, quindi se li tagli tutti poi perdi l'anno successivo.
La potatura vera negli agrumi si fa raramente e immagino in pieno inverno. Io sulle mie piccole piante non ne ho ancora certo avuto bisogno. Per quanto riguarda la concimazione, seguirei indicazioni sulle confezioni. Non vedo controindicazioni legate al periodo dell'anno.
Saluti!!