Questo problema è dovuto alla variazione di portata d'acqua fornita alla pianta.
Hai fatto dei periodi dove hai lasciato troppo la pianta senza bere, seguiti da periodi dove hai dato troppo da bere alla pianta. Le ciliegie, soprattutto, sono delle riserve d'acqua per la pianta stessa (lo testimonia il fatto che non appena esse vengono colte, per un paio di giorni la pianta ha le foglie pendenti, sintomo di disidratazione). Alternando periodi di poca acqua a periodi di molta acqua hai mandato in crisi la pianta perché non appena lei aveva sete e si trovava ad avere acqua la accumulava tutta nei frutti che fanno, come ho detto, da riserva. Poi magari restava senza acqua per un po' e dunque il frutto leggermente si raggrinziva cedendo acqua alla pianta per restare in forma. Poi ripigliava acqua ingrandendo il frutto e tirando la buccia... e via così fino a spaccarsi.
Cerca di dare acqua in modo costante, senza alternare periodi di acqua a periodi di siccità. Appena il terreno diventa leggermente asciutto, soprattutto nella fase di maturazione del frutto, dai da bere. Non aspettare che sia troppo arido.
Ci sono poi alcune varietà di ciliegie meno sensibili alle spaccatura, ma dovresti cambiare pianta e comunque sia se non regoli correttamente le irrigazioni non risolvi molto.